Le catalogue d'espèces recense toutes les espèces observées sur le territoire du Parc national, par ses agents, des partenaires, des bénévoles de manière occasionnelle (hors protocole le plus souvent) ainsi que des espèces mentionnées dans la bibliographie. Pour chaque espèce observée, une description de la taxonomie de l'espèce est proposée (qu'il s'agisse d'un taxon de référence ou d'un synonyme) ainsi que la liste de ses statuts de protection, tels qu'ils sont indiqués dans le référentiel taxonomique de l'INPN.

En 2017, le Conservatoire Botanique National de Méditerranée a produit une hiérarchisation des enjeux de conservation de la flore régionale, apportant une information complémentaire aux statuts de protection et aux niveaux de menace déjà disponibles. En 2019, le Parc national des Calanques a travaillé à la déclinaison locale de cette hiérarchisation des enjeux de conservation pour les espèces présentes sur son territoire, à partir d'un score obtenu en croisant quatre critères : - l'enjeu régional identifié par le CBN Med, - l'indice de responsabilité régionale (si la distribution de l'espèce sur le territoire du Parc est supérieure à la distribution régionale), - la rareté locale d'une espèce sur le Parc national, - un indice de vulnérabilité (pondération des espèces en fonction de leur niveau d'extinction) A partir du score obtenu, les espèces sont distribuées sur une échelle allant d'un enjeu de conservation faible à un enjeu très fort. Ce travail est amené à évoluer en fonction de l'évolution du niveau de connaissance. Elle a notamment été mise à jour en 2021.

En 2019, le Parc national des Calanques a travaillé à une hiérarchisation locale des enjeux de conservation pour les espèces d'avifaune nicheuse présentes sur son territoire, à partir des statuts ZNIEFF et des menaces de conservation soulevés par les statuts sur les listes rouges nationale et régionale de l'UICN. Un score a été obtenu a partir de ces premiers indices avant d'être débattu à dires d'experts par les ornithologues du Parc national pour obtenir cette hiérarchisation.

Observations faune / flore / fonge réalisées quotidiennement par les agents du Parc national de manière occasionnelle (hors protocole scientifique). Ces données sont inventoriées dans une base de données interne mise à jour quotidiennement dont le contenu est reversé à SILENE PACA annuellement selon le protocole SINP.