Les arrêtés de biotope permettent de délimiter des zones en vue de la protection du patrimoine biologique.

Ils sont codifiés dans les articles R411-15 à R411-17 du Code de l’Environnement : "Afin de prévenir la disparition des espèces figurant sur la liste prévue à l'article R. 411-1, le préfet peut fixer par arrêté, les mesures tendant à favoriser, sur tout ou partie du territoire d'un département (…), la conservation des biotopes tels que mares, marécages, marais, haies, bosquets, landes, dunes, pelouses ou toutes autres formations naturelles, peu exploitées par l'homme, dans la mesure où ces biotopes ou formations sont nécessaires à l'alimentation, à la reproduction, au repos ou à la survie de ces espèces."

L'arrêté de protection de biotope ne comporte pas de mesures de gestion, il est limité à des mesures d'interdiction ou d'encadrement d'activités, susceptibles d’être contrôlées par l’ensemble des services de police de l’Etat.